Krokodyle swoje zaloty odbywają w wodzie, w różnych porach roku oraz w zależności od gatunku. Około jednego miesiąca potrzeba po zapłodnieniu samicy aby złożyć na lądzie jaja. Mogą je składać w zagłębieniach w piasku, czy tak jak to robią aligatory amerykańskie, budując miejsca lęgowe z błota oraz szczątków roślin. Bardzo ważne jest zapewnienie jajom stałej temperatury. Co jest wyjątkiem wśród gadów, samica wykazuje bardzo mocny instynkt macierzyński, i potrafi być wyjątkowo agresywna dla intruza znajdującego się zbyt blisko jaj.
Wylęganie trwa około 3 miesięcy, i tyle czasu właśnie samica dba o nawilżanie gniazda, poprzez oddawanie na jaja moczu czy wczołgując się na nie zaraz po wyjściu z wody.
Bardzo często zdarza się iż przez cały czas opieki nad jajami, samica nic nie je, korzystając z tłuszczu odłożonego na ogonie i plecach. Młode które są już gotowe do wyjścia, samica zwykle wypuszcza uderzając zębem jajowym, który znajduje się na czubku jej pyska.
Młode dają znać chrząkaniem kiedy nie mogą się wydostać ze skorupki. Gdy wszystkie młode wydostaną się na zewnątrz, są delikatnie chwytane przez matkę i znoszone do wody, gdzie mogą od razu swobodnie pływać.